知网论文查重软件的数据安全问题主要包括：1.数据泄露风险，可能导致论文内容被泄露；2.数据存储安全，如何保障论文数据在查重软件中的存储安全；3.数据传输安全，确保论文在上传、下载、查重过程中的安全传输。针对这些问题，可以采取加密传输、访问控制等措施来保障数据安全。

知网论文查重软件的隐私问题主要包括：1.个人隐私保护，如何避免个人信息在查重过程中被泄露；2.数据使用权限，如何保障用户数据仅用于查重目的；3.隐私政策，查重软件是否明确了用户隐私政策。针对这些问题，可以建立隐私保护机制、完善隐私政策等措施来维护用户隐私。